В 1989 году, ещё будучи студенткой института, Марина Хлебникова была замечена Бари Алибасовым и приглашена им на большую эстраду в качестве солистки организовываемых им групп — сначала «Интеграл», потом «На-на». Впрочем, продлилось это по каким-то причинам недолго, в 1990 году Марина покинула группу «На-на» (которая после этого стала чисто мальчиковой группой) и начала сольную карьеру.

Уже в 1991 году певица становится лауреатом конкурса «Ялта-91» с песней «Рай в шалаше».

В 1992 году Марина Хлебникова становится лауреатом международного музыкального конкурса в австрийском городе Брегенце. В ее репертуар этого времени уже входили такие известные и ныне песни, как «Я бы не сказала», «Дожди» и «Случайная любовь».

В 1993 году выходит её первый сольный альбом «Останься», а также снимаются клипы на песни «Останься», «Карусель» и «Жёлтый песок».

В 1996 был выпущен альбом «Били-Бом», но пока еще он занимает по итогам продаж невысокое 76-е место по России.

Но уже в следующем, 1997 году Марина Хлебникова становится популярной со своей весёлой песней «Чашка кофею», вошедшей в ротацию многих радиостанций. Одноименный альбом по итогам продаж года занял четвёртое место по России. Это было несомненное признание.

В феврале 1998 года состоялись концерты Хлебниковой в Московском дворце молодёжи. В этом же году снимается 40-минутный фильм «Дожди», в который вошло 9 песен певицы.

В апреле 1999 года вышел очередной альбом — «Фотоальбом».

C 1997 года Марина Хлебникова три года подряд выдвигалась на премию «Овация» в номинации «Певица года», но ни разу её не получила. В 2001 году выходит альбом «Солнышко моё, вставай». Снимаются клипы на песни «Мой генерал» и «Какое было кино». В феврале 2005 года вышел альбом «Кошки моей души», главным хитом которого стала песня «Лето».

Под псевдонимом «Марья Искусница» Хлебникова принимала участие в записях группы ХЗ. В телепроекте «Неголубой огонёк-2» Хлебникова и группа ХЗ исполнили песню «Талалихин».